外商投资企业年检也适用《企业年度检验办法》，其年检的范围、时限、提交的材料、年检审查内容、年检的结果、未检企业的处理等与内资企业年检相同，与内资企业年检的不同主要体现在如下几个方面：
一、年检方式
内资企业申报年检可以到企业登记机关现场申报，也可以通过企业登记机关的网上年检申报系统网上申报。对外商投资企业，国家工商总局要求全部实行网上申报年检，并与有关部门实行联合年检。
二、年检机关
根据原对外贸易经济合作部、国家经济贸易委员会、财政部、海关总署、国家税务总局、国家工商行政管理局、国家外汇管理局《关于对外商投资企业实行联合年检实施方案的通知》（外经贸资发[1998] 938号）的规定，外商投资企业实行联合年检，年检机关为对外贸易经济合作部、国家经济贸易委员会、财政部、海关总署、国家税务总局、国家工商行政管理局、国家外汇管理局，除上述参加联合年检的七个部门外，未经国务院批准，任何部门和单不得对外商投资企业实行年检。联合年检各部门不得在本系统内另行组织对外商投资企业的年度检查。
据商务部、财政部、海关总署、税务总局、工商总局、外汇局《关于开展2004年外商投资企业联合年检工作的通知》（商资统进函[2004] 10号）的规定，联合年检机关调整为商务部、财政部、海关总署、税务总局、工商总局、外汇局六部门。
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